他的肉体灵魂二元概念提出了一个极为棘手的问题——当肉体和灵魂在生命期间互相锁定的时候，它们是互相起作用的。肉体的经验会在灵魂中产生激情，而灵魂的思想和意志会引导活力的流动，产生情不自禁的行为，可是，这种相互作用是在什么地方以什么方式发生的呢？无形体的灵魂，它既没有固定的东西，也不占据什么空间，它是怎样与有形的肉体相连接，并接受它的感觉和经验或者对它施加任何影响的呢？

　　早期的二元论哲学家们忽略了这个问题，而有生理学意识的笛卡儿却不可能。从他和其他人的解剖学研究当中，他知道，大脑有两个同样的半球，可是，在它的深层，有一个很小的腺体（即松果体）；因为这是个单独的东西，就像灵魂本身一样，而且因为它在大脑里面的位置关系，在他看来，这是灵魂和肉体的显示的连接之处。他猜测，由于其在大脑中的位置，“其最为轻微的运动也会极大地影响活力的流动，反过来说，活力流动的最轻微的变化也会极大地影响腺体的运动。”尽管他从没有解释有形的松果体和无形的灵魂是如何发生接触的，但他确信，它们的确是有接触的，而且灵魂是通过这个腺体来影响肉体的，肉体亦是如此影响灵魂的。

　　思维的全部活动（即灵魂）是这样构成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)的，即它如果期望某种东西产生，它会通过与其紧密连接的小腺体来产生符合意愿的合适结果……（反过来）大脑里面被神经激发的（腺体的）活动会以相反的方式影响灵魂或者思想，而思想是按照运动本身的各种变化与大脑紧密联系在一起的。

　　因而，肉体就在灵魂里面产生诸如爱、恨、恐惧和欲望等的感情。灵魂有意识地思考每一种感情，并自由地对其产生反应，或者，如果它认为某种感情是己所不欲的，还可以忽视它。那么，为什么我们会犯错误呢？笛卡儿说，并不是因为灵魂选择要去犯错误，也不是因为灵魂出现了自我冲突，而是因为极度的感情也许会造成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)活力的“混乱”，因而覆盖掉了灵魂对松果体的控制，激起与灵魂的判断和意愿相反的反应。

　　可是，笛卡儿提出其心理学的主要目标之一，是要显示如何通过理智和意志来控制感情。他提出了许多有意义的忠告，如当强烈的感情被激发起来时，人应该有意地转移自己的注意力，直到这种感情消退下去，这时候再来作出一个决定，看怎么办。他就控制感情所说的很多话都在这个水平上，这是他的心理学当中最没有意思的部分。

　　他把感情分为几种，可没有对其起源提出任何有见解的理论。共有六种原初的感情——惊奇、爱、恨、渴望、喜悦和悲伤——其余的都是这些感情的合并或者组合。他对感情的讨论不像他对第一哲学原理的描述那般具有戏剧性，而是一些概念式的味同嚼蜡的一些东西：

　　爱是灵魂的一种情绪，由活力的运动引起，它会激起灵魂将自身情不自禁地与看起来易于接受的一些东西连接起来。而恨是由活力引起的一种情绪，它会激起思维产生从看起来会对自己造成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)伤害的一些物体中脱离出来的意愿。

　　尽管笛卡儿对肉体与灵魂之间的相互作用的解释错得厉害——在人类身上已经产生退化的松果体对输入和输出的神经冲动都没有影响——机械细节也是无关紧要的。重要的是他的灵魂和肉体学说，他认为灵魂和肉体是分开的实体、由不同的物质组成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)，在一个活人身上产生一时和谐、一时竞争性的相互作用，而这种竞争是人类存在当中最为关键的因素。这个学说极大地影响了人类进行的自我了解，但并没有取得很大的进步。心理学史学家雷蒙德·番切尔总结了笛卡儿二元论的优缺点：

　　一方面，他宣扬说，人是一台机器，可以通过自然科学加以研究；另外一方面，他又说，人类禀性当中最有价值和最非同一般的特征，即灵魂，只有由通过理性的沉思才能理解。再接着，肉体和灵魂之间的相互作用被说成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)是可以通过解剖学推理、心理学内省以及尤其空洞的逻辑分析推论出来的。

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