到目前为止，这还是纯粹的理性主义。可是，在那个时代，笛卡儿有一种准经验主义的倾向。他很清楚当时的新生理学的一些发现，他自己也进行过动物的肢解活动，观察过神经系统与肌肉的联系。在他看来，这些都类似圣日尔曼伦拉依皇家御花园中的一些雕塑品一样，它们在通过管道导来的水力的作用下，弄出了一些逼真的动作和声响。

　　因此，他发展出了一套人类行为机械——水力学说。灌注进脑室或大脑里面的空腔的液体——我们今天知道这些是脑脊髓——他认为那是“活力”，是血液里面的一种纯度极高的元素，他认为这种极高元素中其较粗糙的部分，在它们到达大脑前已经被极细小的一些动脉过滤过。（这是他在希腊人的pneuma概念上发展修正得来的，它是指一种气体，是灵魂的基本物质，在神经系统中循环。）由于神经系统从大脑向身体的各个部分发散，活力也一定是从大脑向神经流动的（跟希腊人一样，笛卡儿也相信神经是空的，当时显微镜还不存在），并在到达肌肉时使其肿涨并运动。

　　他想象，活力的流动也一定给消化、血液循环、呼吸和一些心理功能提供了动力，如感觉印象、爱好和激情以及甚至记忆。后者尽管只是思维的一个功能，他也用机械术语来解释。如同在亚麻布上用针刺的一些洞，当针拿走后，洞还留在原来的地方一样，重复的经验也在大脑上留下一些小洞，因而也就对活力的流动产生更多的接纳可能。笛卡儿因此就把阿奎那（从亚里士多德那儿提取出来的）有关灵魂有一些“生长性”及“感知性”的功能的学说搁置一边了。在笛卡儿的系统里，这是纯粹理性的，而其它的一些功能则属于肉体。

　　他的机械－水力学说在细节上尽管是错误的，可是，它在一个重要的方面几近正确：它把肌肉的控制归因于从大脑经过输出神经传出的刺激。更令人印象深刻的是他的其它一些猜测。他问自己，是什么东西使活力向肌肉流动的呢？他又一次拿皇家花园里的自动装置打比方。行人踩到隐藏的踏板上时，就会打开水龙头，因而启动了这个装置。他说，在生物世界里，感觉刺激也起同样的作用，它们会给感觉器官提供压力。这个压力在通过神经转输进大脑以后，会打开一些特设的阀门，因而引起这种或那种肉体活动。笛卡儿因而成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)为第一个描述后来叫做“反射”现象的人，即某种特别的外部刺激会引起机体产生某种特别的反应。

　　然而，机械－水力学说没有解释意识、推理和意志。笛卡儿相信，那些较高级的大脑活动一定是灵魂（或者思想）的功能。这个会思考的灵魂是从哪里得到这些信息和思想的呢？他说，在它与肉体在有生命的时期共同存在时，它通过肉体的感觉、激情和记忆获取一些思想，而且它还会从所记住的感觉印象当中制造一些信息——想象的物体、梦幻及类似的东西。可是，它最为重要的思想不能够从这样一些来源得到，因为，当他意识到自己的思想因而知道他的灵魂存在时，他从没有以感觉的形式体会到自己的灵魂。灵魂这个概念一定是灵魂本身的一部分。相似地，像“完美”、“物质”、“质素”、“一体”、“无限”和几何公理对他来说都是超然感觉经验之上的，因而就必须是从灵魂本身得来的。它们是天生的。

　　想当然，他会补充说，这些一些与生俱来的思想不是在一出生的时候就以成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)熟的形式存在的，灵魂有一种针对经验产生反应而形成(本站的咨询师之家为咨询师朋友提供同城聚会的场所)思想的倾向或者习性。“它们是由自然养殖的、原初的真理细菌。”感觉印象使我们在自身发现它们。例如，一个小孩子不知道“从等数中减去等数，余数还是等数”这个普遍真理，除非你给他一个例子。

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