组织中的咨询师，是指由组织所雇用的专门为其组织成员提供服务的咨询人员。在国内大部分咨询师属于组织中的咨询人员，如学校的心理咨询师、军队或监狱中专门进行心理辅导工作的人员、企业中的EAP专员等。与组织中的咨询师相对的是，专门执业的心理咨询师。他们服务于所在医疗机构、社区、私立机构等等，其工作形态与律师、普通医生相似。组织咨询师与专门执业的咨询师，在遭遇专业伦理冲突时，会有不同的要求和不同的处理方式。

学者孙敏华以军队环境为主要的研究组织，对于一般咨询与组织中的咨询差异进行了比较，其中比较强调组织中的心理咨询师比较注重战力、绩效、竞争和结果（如表1-2)。对高校中的心理咨询师而言，除了具有学校雇员的身份外，大多被赋予心理咨询师与教师或心理咨询师与管理者的多重身份。这种多重身份的存在，会直接影响到心理咨询师的伦理要求和相应行为。

林家兴认为身为组织中咨询师的挑战可以总结为：来自上级领导的工作表现压力；不容易维护个案信息的专业保密；向领导证明费用支出的必要性；需要忍受专业的孤独、缺乏同伴支持与互动；需要不断向单位同事介绍咨询的价值；必须学会处理个案数量或行政工作量太多的压力。

不论是从学者的理论探讨还是实证研究结果均显示，组织中的咨询师无法回避工作环境对专业实践的影响。台湾学者洪莉竹她通过采用焦点团体及个别访谈相结合的方式访问55位中学辅导人员收集资料，对其工作中面临的伦理困境与应对策略进行了研究。研究中引发的伦理议题有保密、角色定位、双重关系、当事人福祉、知情同意与通报等问题，引发专业伦理困境的主要因素包括被辅导的学生未成年人的特点、教师角色和学校工作模式，并认为制定专门针对中学心理咨询从业者的伦理准则有其必要性。认为将台湾地区针对所有咨询师群体设定的专业伦理守则要求应用到学校情境存在困难。军队亦是具有不同一般社会组织的特性，被学者认为其组织层级是一个三层结构。权力集中在最上层者手中，他们控制一切，强调规条，一视同仁，不讲人情。甚至为阶级划分而否定普通服役人员的自治、自由，以及自发精神。林妖珊通过对军中心理咨询师面对自杀个案的伦理冲突经验进行叙事研究，提出在军中组织环境下咨询师面临的三大伦理议题：军中咨询师的自我定位、咨询师的自我角色，以及咨询师的压力问题。

虽然高校咨询师的服务对象不同与未成年的中小学学生和受到部队严格管制的军中服役人员，大学生正常情况下是具有完全的行为能力的成年人，但学校仍然对于在校学生具有监管的责任，而作为学校雇员的高校咨询师需充分考虑这一因素，因而难以做一个“纯粹”的咨询师。Heyman等人在1986年的调查研究中发现，有关在大学心理咨询中的伦理问题方面，己有研究表明，保密、角色冲突、咨询师胜任力和与雇主和所属单位的冲突等是咨询师面临的主要问题伦理困境，其中咨询师的胜任力和保密问题是被认为最难解决的困境，尤其是涉及对于危险情况不太确定时的保密问题较难处理。针对大学生群体工作的心理治疗师容易在保密方面受到压力主要表现在:在当周围环境对保密提出挑战时，或当治疗师坚持保密可能会带来消极后果时和发生三角咨询关系时。而这些问题几乎在大学校园心理咨询工作中很难避免。